Padova vanta origini remote di città fluviale. Un'antica leggenda narra che la città sia stata fondata da Antenore, eroe omerico in fuga da Troia data alle fiamme.
Testimonianze archeologiche confermano l'esistenza, intorno al XII secolo a.C., di un insediamento urbano in una zona acquitrinosa formatasi per la presenza del fiume Brenta, chiamato a quel tempo "Medoacus". Lo stesso toponimo "Patavium", da cui Padova, sarebbe riferibile a Padus ed indicherebbe uno stretto rapporto tra l'insediamento paleoveneto e le acque fluviali. E Piazza Antenore conserva ancor oggi le spoglia del mitico fondatore, proprio accanto alle arcate di uno dei ponti romani, ora interrati, che attraversavano il Naviglio interno alla città: la più importante via d'acqua che permetteva di raggiungere la laguna.
Già nel III secolo a.C. Padova, grazie alla sua posizione ideale di città protetta dalle acque, sconfigge i Galli Cisalpini e diviene preziosa alleata di Roma. Intorno al 50 a.C. essa possiede una propria autonomia amministrativa avendo acquisito dapprima lo stato di jus romano e successivamente quello di Municipium per decreto di Giulio Cesare. La prosperità e la pace raggiunte portano ad un riassetto urbanistico e ad un immane sforzo di regolamentazione delle acque del fiume con la costruzione dei ponti di epoca romana. Ecco allora che Padova può dirsi "un'isola", le cui fortificazioni naturali sono le anse del fiume, collegata al contado tramite il graticolato delle strade romane ed unita al mare attraverso i suoi canali navigabili.Le più importanti costruzioni di età romana sono il teatro, che determina l'attuale conformazione ad anello del Prato della Valle, e l'anfiteatro di cui restano tracce lungo il Corso del Popolo e al cui interno è oggi situata la Cappella degli Scrovegni. Tuttavia l'abitudine di demolire gli edifici più antichi per il riuso delle pietre da costruzione, assai difficili da reperire, ha determinato la scarsità di testimonianze architettoniche di quell'epoca. Con l'intervento romano (II-I sec.a.C.) la città diventa poi uno dei nodi viari più importanti del Nord: la via Aemilia la collega ad Aquileia, la via Aemilia-Gallica la conduce a Vicenza e da lì a Genova, la Annia la unisce all'importante porto di Adria. Se durante i primi secoli del cristianesimo Padova è fra le città più importanti dell'impero, seconda solo a Roma in ricchezza e bellezza, dal III-IV sec. inizia a decadere a causa delle irruzioni via via più frequenti di Visigoti, Svevi e Vandali prima, Unni e Longobardi poi. Nel 589 si verifica un evento drammatico: il fiume Brenta, rimasto ormai da un secolo senza significativi interventi idraulici, tracima e provoca una serie di devastanti inondazioni. Il suo corso devia a nord e il Bacchiglione ne occupa il sito.
La popolazione fugge in massa trovando riparo nella campagna circostante e in laguna. Nel 602 la città è infine letteralmente rasa al suolo dai Longobardi dopo un assedio durato ben tredici anni. Segue un lungo periodo di abbandono caratterizzato da miseria, instabilità politica e mancanza di punti fermi in campo religioso. La ripresa è molto lenta e faticosa e si dovrà attendere addirittura il XII sec. perché Padova diventi un libero comune e cominci a riaffermare la sua supremazia imponendo al contado e alle città vicine il proprio modello culturale. Il recupero urbanistico-territoriale è possibile in primo luogo per l'opera dei monaci benedettini che iniziano dall'VIII sec. una capillare bonifica partendo da Padova per arrivare alla Pedemontana. L'azione dei monaci è presto detta: una volta individuato il sito adeguato per la costruzione di un nuovo monastero si edifica il complesso, si innalzano mulini lungo
i corsi d'acqua e si dà inizio al risanamento del terreno. Ai monaci si deve anche l'importantissimo recupero della centuriazione romana e la diffusione di un nuovo tipo di edificio rurale, forgiato sul monastero benedettino. Intorno al 1200 Padova ritrova la ricchezza economica e vive un periodo di grosso fervore culturale: viene costruita la prima cerchia di mura medioevali, sono edificate numerose fabbriche fra le quali la Basilica del Santo e il Palazzo della Ragione, viene fondata una prestigiosa Università. La scena artistica è dominata da una figura di assoluto prestigio: il fiorentino Giotto, autore di una vera e propria rivoluzione della pittura. A lui è affidata la decorazione ad affresco della Cappella degli Scrovegni. L'apice della potenza politica è raggiunto tra il 1338 e il 1405 con la signoria dei Carraresi.L'anno 1405 segna una battuta d'arresto perché una rivolta popolare consegna la città nelle mani della Repubblica di Venezia. Ma Padova riesce a mantenere il suo primato in campo artistico grazie a due grandi maestri: Andrea Mantegna che dipinge la Cappella Ovetari nella Chiesa degli Eremitani, andata purtroppo completamente distrutta dai bombardamenti del 1944, e Donatello, autore dello splendido monumento equestre dedicato al Gattamelata e del ciclo scultoreo costituente l'altar maggiore della Basilica del Santo. Il Cinquecento è per la città veneta un secolo di grandi splendori. Sottoposta alla dominazione veneziana, in lotta contro il papato, l'impero e la Francia, Padova innalza un nuovo sistema di fortificazioni bastionate per un perimetro di 11 chilometri. Si tratta di un progetto di immane grandezza, realizzato febbrilmente, nato con l'obiettivo di rendere la città inespugnabile all'attacco delle artiglierie militari quali quelle della grande armata della Lega di Cambrai. Fu quello del 1509 uno dei momenti più difficili e Venezia fu ad un passo dall'essere travolta. Ma nuove guerre non si combatteranno e quelle mura, perizia dell'ingegno militare, ne determineranno il definitivo assetto urbanistico. Nel 1545 nasce l'Orto Botanico, il più antico d'Europa, istituito con precisi scopi scientifici, nel quale sono raccolte e classificate ancor oggi numerose specie di piante medicinali. Verso la fine del secolo l'università vive la stagione illuminata dal genio di Galileo Galilei ed è edificato il famoso Teatro Anatomico.Il settecento vede la sistemazione attuale di Prato della Valle. Dopo un primo intervento di bonifica del terreno ancora in gran parte paludoso, il procuratore di Venezia, Andrea Memmo, ha in mente un progetto grandioso: un grande spazio aperto nel quale possano trovar posto le botteghe per la fiera e dove avvengano addirittura le corse dei cavalli. Ecco realizzata un'area verde, la cosiddetta isola Memmia, collegata alla piazza circostante da quattro maestosi ponti, interamente circondata da statue di uomini, soprattutto procuratori veneziani, che hanno dato il loro contributo alla storia della città. La capitolazione di Venezia, nel 1796, in seguito alla prima campagna napoleonica in Italia, conduce Padova alla dominazione francese e, poco dopo, a quella austriaca. Per lungo tempo la città è terreno di saccheggi, scorribande e devastazioni da parte degli eserciti stranieri. Unico segno positivo di quegli anni è la sistemazione della rete viaria e di alcuni importanti nodi cittadini, dovuta in gran parte all'opera dell'architetto Giuseppe Jappelli, autore del famosissimo Caffè Pedrocchi e nominato ingegnere municipale. La dominazione si conclude nel 1866 con l'annessione al Regno d'Italia. Gli anni recenti della storia di Padova hanno conosciuto un grosso sconvolgimento del tessuto urbanistico a causa di numerose distruzioni belliche e diversi interventi di smembramento di interi quartieri per far sorgere moderni grattacieli, si pensi all'attuale piazzetta Conciapelli.